Наиболее специфичными для разработки индивидуальной психотерапевтической программы являются феномены, описываемые клиническим методом.  Это клинические психотерапевтические мишени. Психотерапевтические мишени этой группы являются специфичными для конкретной нозологической группы (группы психических расстройств) и описываются в языке клинической семиотики. Примерами выделения таких мишеней может быть: навязчивый страх или невротическая депрессия.
В эту группу психотерапевтических мишеней включаются феномены, описываемые языком клинической семиотики и специфичные для конкретного заболевания (психического расстройства или сходной группы расстройств). Наличие этой группы мишеней в когнитивно-мотивационной схеме психотерапевта важно для интеграции психотерапии в систему медицинской помощи с содержательной стороны. Мишени этой группы не только способствуют формированию клинически-ориентированной программы психотерапии, но и обеспечивают профессиональную коммуникацию между психотерапевтами (например, при проведении в рамках одной лечебной программы индивидуальной и групповой психотерапии разными специалистами), между психотерапевтом и другими участниками психотерапевтической бригады ( врачом-психиатром, медицинским психологом, социальным специалистом), между психотерапевтом и руководителем ЛПУ. Для включения психотерапевтической мишени в эту группу необходимо ее наличие в семиотических системах – МКБ или специальных глоссариях.
2-я группа мишеней:
К этой группе психотерапевтических мишеней относятся мишени, специфичные для индивидуально-психологических и личностных особенностей пациента. Психотерапевтические мишени этой группы не связаны напрямую с конкретным типом невротического расстройства или существующим симптоматическим комплексом, однако по имеющимся научным данным могут рассматриваться в качестве существенных элементов этиопатогенеза невротических расстройств и являются факторами, определяющими возникновение и развитие невротического расстройства.
Эти мишени довольно близки к группе феноменов, которые можно отнести к факторам психотерапевтического процесса – таким феноменам, которые продуцируются участниками взаимодействия и каким-либо образом влияют на процесс, но не являются при этом объектами целенаправленного изменения, например, внушаемость пациента или искренность психотерапевта. Примерами таких феноменов могут быть: межличностный конфликт, психологическая проблема, страдание, феномен алекситимии.
Эта группа мишеней является смежной и находится на границе компетенции врача-психотерапевта и медицинского психолога. Например, психотерапевт занимается межличностными конфликтами в рамках семейной психотерапии. Или коррекция зависимых отношений, которые могут быть у пациента, повышает вероятность выздоровления.
3-я группа мишеней:
Психотерапевтические мишени, специфичные для психотерапевтического процесса.
Возможно выделить феномены, имеющие отношение к психотерапевтическому взаимодействию психотерапевта и пациента вне рамок конкретного психотерапевтического метода. Воздействие на мишени этой группы необходимо